曾经在熊廷弼驻守下固若金汤的辽东，也陆续被努尔哈赤找到机会，安插进了后金的奸细。这之后，袁应泰更没有了与努尔哈赤一战的能力。
然而，对危险毫不知情的袁应泰还听从了朝中速战速决的主张，主动发起了进攻，这显然加快了他失败的进程。
短短的时间里，他接连丢了沈阳、辽阳等重要城池，只能带领不堪一击的明军退守到了辽河以西。深觉大势已去的袁应泰举全家自杀，将这个无法自行解决的残局丢给了朝廷。而曾经被挤走的熊廷弼，又被朝廷在忧虑中想起。
在天启帝亲自接见，“晓之以情，动之以理”后，身为臣子的熊廷弼也不可能耍脾气，自然只能再次接下收拾残局的任务。
然而，熊廷弼没有想到的是，都已经这种情况了，朝廷竟然还以财政困难、四川叛乱为由，没有理会他求兵、求饷的诉求。而东林党人更是趁此机会，以“没有钱也能打胜仗”的名头，为自己一派的王化贞要来了辽东巡抚一职以制衡熊廷弼。
这里最可笑的是，熊廷弼要不到军饷，东林党却为王化贞谋划好了相应的军饷。这样一来，就出现了身为辽东经略的熊廷弼受尽掣肘、不得施展，而辽东巡抚王化贞反倒独率六万大军镇守广宁重镇，且军饷充足的鲜明对比。
期间，东林党人为力撑王化贞而多次奏请撤销熊廷弼在辽东的官职，而王化贞也表示说自己能在秋天之前给朝廷带来捷报。熊廷弼此时的处境之艰难已经显而易见。
然而，东林党人夸下海口的本事有，相应的实力却显然没有。面对五月份汹汹而来的八旗大军，王化贞甚至没有一丝反抗的实力，只能丢下广宁，一路向山海关溃逃。
等到熊廷弼赶来支援时，广宁已被努尔哈赤拿下。他还是老脾气，先是嘲笑了王化贞一番，最后仍然接过残部，将军民护送到了山海关。
按照当时的情况来说，王化贞显然要对丢失广宁一事负主要责任，但东林党人为了掩盖曾经力荐王化贞驻守广宁的举动，摆脱身上的罪责，因此开始祸水东引，在熊廷弼“支援不利”问题上泼脏水。所以熊廷弼也被送进了监狱，等待判刑。
熊廷弼在狱中呆了三年，一直在为洗清自己的冤屈而努力。然而，他最终还是没能成功，因为他彻底成为了政治斗争的牺牲品。
当时，与东林党结怨的阉党，打算趁着这次东林党立身不稳的时候，捏造一些罪名，将其置于死地。而就在阉党之首魏忠贤思考要捏造什么罪名的时候，早年曾与熊廷弼有嫌隙的一位马姓宦官提出，可以捏造熊廷弼曾向东林党人行贿的罪名。
于是，明明和东林党不对付的熊廷弼就这么死了。
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